本发明提供了一种多功能莼菜无人作业船及其导航控制方法,包括视觉传感器、激光雷达、组合导航设备、控制系统、作业执行机构安装平台、浮漂装置、电源供电系统和动力系统,电气控制系统启动后,选择进入自主导航模式,自主导航模式包括水岸边界探测模式、工作模式和自主避障模式,工作模式包括施药模式、施肥模式、除草模式和采摘模式,水岸边界探测模式生成水岸边界地图,工作模式以所述地图为基础展开作业,遇到障碍物时所述电气控制系统控制工作模式切换到自主避障模式,避障完成后,返回之前的模式工作。本发明能显著提高莼菜施肥、施药、采摘和除草作业的效率,促进莼菜种植业的发展。