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目前已经克隆了上千个水稻重要农艺性状控制基因,但这些基因的育种应用及育种材料中的优良等位基因相关研究还比较少。在天津市重点研发计划的支持下开展了相关课题研究。本研究的目的为;系统开发水稻已经克隆基因及覆盖全基因组的功能标记,建立高通量SNP基因分型平台,检测育种材料中的优良性状控制基因;利用水稻高密度SNP芯片获得核心育种材料基因型数据,开展重要农艺性状的遗传作图,鉴定优良基因或QTL。项目研究必要性：水稻中无成套已克隆基因的功能标记;高效的基因型鉴定系统是大规模分子标记辅助育种必备条件;直接利用育种材料挖掘优良基因既有重要育种应用价值又有重要理论价值。 项目完成了计划合同规定的各项技术指标,达到预期研究目的：开发并实验验证已克隆水稻基因功能标记258个,建立已克隆水稻重要农艺性状控制基因功能标记数据库1个,开发检测水稻重要农艺性状基因变异的KASP标记11103个;鉴定调控水稻重要农艺性状QTL位点90个,其中主效QTL位点12个,有重要育种潜力的基因3个。 成果可以应用于下列领域：水稻优良等位基因的挖掘,水稻重要农艺性状的分子标记辅助育种,水稻重要基因功能研究。
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