本项目是中药资源学、分子生物学与现代生物技术有机结合的应用基础类研究，主要聚焦丹参主要活性成分的合成与调控开展了大量研究工作：（1）首次建立根癌农杆菌介导的丹参高频外源基因转化体系，转化率高达80%，为丹参功能基因研究提供了技术平台；（2）率先采用高通量测序技术构建丹参转录组和miRNA谱库，极大丰富了丹参的遗传背景，为丹参分子育种提供了平台和遗传基础；（3）首次在丹参中鉴定到正调控酚酸类物质合成的三元转录复合体，为从转录水平和转录后水平高效调控酚酸类成分奠定了基础；创造性地利用多支路、多基因协同调控的基因操作方式调控丹参中活性成分的积累；（4）阐明了胁迫环境促进丹参中主要活性成分积累的分子机制，系统解析了茉莉酸信号通路SmCOI、SmJAZs、SmMYC2等核心成员之间的网络关系，鉴定了SmMYC2、SmbHLH51、SmbHLH37、SmMYB97等十余个直接调控酚酸类和/或丹参酮类的转录因子。项目成果依托于国家自然科学基金等项目，先后培养博士研究生9人，硕士研究生52人；发表研究论文139篇，其中SCI论文52篇，授权发明专利5项。5篇代表性论文均发表在国际著名期刊上，其中3篇发表于本领域TOP期刊。项目成果得到国内外同行专家的高度评价和广泛引用。该成果为后基因组时代的中药活性成分合成与调控研究提供了范例，为利用代谢工程手段提高中药活性成分含量提供了全新思路。