本发明公开了一种防治玉米茎基腐病的微生物菌剂M1及其应用,包括枯草芽孢杆菌HR15、萎缩芽孢杆菌HR37和贝莱斯芽孢杆菌HR55三种菌株;三种菌株均保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心(CGMCC),保藏日期为2020年3月6日;其中,枯草芽孢杆菌HR15的保藏编号为CGMCC NO.1 9453 ;萎缩芽孢杆菌HR 3 7的保藏编号为CGMCC NO .19451;贝莱斯芽孢杆菌HR55的保藏编号为CGMCC NO .19452。本发明的微生物菌剂M1对玉米茎基腐病的防治效果好,可以有效挽回由茎基腐病造成的产量损失,改善土壤营养状况,影响土壤中真菌和细菌群落多样性和结构。