黄瓜是我国种植面积最大、消费量最多的蔬菜之一。近年来，市场上对水果型和华南型黄瓜需求日增，但水果型长期依赖进口，成本高；华南型产量低，抗病性差。为从根本上解决水果型和华南型黄瓜的育种难题，本项目通过遗传图谱构建，突破了传统育种受环境和性状显隐性影响的选择瓶颈，建立了完善的黄瓜分子标记辅助选择技术体系，主要技术创新如下：

1、 创建了国际上最饱和的黄瓜分子标记遗传图谱，定位了22个农艺性状的172个QTL位点，选择效率86%，解决了传统育种数量性状难以选择的世界性难题；
2、 精细定位了8个与产量、品质、抗病相关的质量性状基因，利用发明的分子标记实现了98%以上的筛选准确率；
3、 创建了黄瓜种质资源表型和分子标记数据库，创新了黄瓜分子育种技术体系，攻克了优质和抗病基因难以聚合的技术难题，育种效率提高5倍，培育优质抗病新品种4个。

按区域培育的‘申绿’水果黄瓜和‘申杂’华南黄瓜新品种，综合性状优于同类，深受种植户和消费者欢迎。申绿系列水果黄瓜种子，比原进口品种价格低10倍，每粒仅0.1元，彻底摆脱了进口，实现了国产化。申杂系列华南型黄瓜，产量比原本地品种提高4倍，产值可达3.2万元每亩，使种植户收入大幅增加。