本科技成果提供一种天麻萌发菌的脱毒筛选方法,属于脱毒技术领域,包括:对萌发菌的退化菌种进行活化的活化工序,将所得退化菌种在脱毒培养基中进行菌丝尖端脱毒循环得到脱毒菌种的脱毒工序,和对脱毒菌种进行扩殖培养的扩殖工序;菌丝尖端脱毒循环进行4‑8次,待转接培养的菌种的菌丝生长速度显著高于退化菌种的菌丝生长速度,且连续三次转接培养的菌种的菌丝生长速度差异不显著,即视为脱毒结束;扩殖工序所得扩殖菌种用于保藏或天麻生产。该脱毒筛选方法的脱毒效果佳,脱毒成功率能达到95%以上,脱毒菌种和扩殖菌种都能在萌发菌菌种保藏和天麻生产中应用,解决了萌发菌菌种的退化和长势减弱问题,能避免萌发菌菌种退化影响天麻生产效益。