本单位与中国农业科学院植物保护研究所等单位开展联合攻关，取得如下创新性研究成果：明确了小麦黄化、矮缩类病害的病原种类、群体结构和遗传多样性，依据发生条件建立了病害测报模型。鉴定明确了我国小麦黄化矮缩类病害的主要病原是大麦黄矮病毒（BYDVs）、小麦矮缩病毒（WDV）、小麦蓝矮植原体（WBDp）等。首次完成了WBDp全基因组图绘制和序列分析，以及BYDV-GAV、GPV、PAV、WDV基因组分析。探明了小麦黄化、矮缩类病害的致病机理。发现了BYDV-GAV感染后病毒来源的小干扰RNA（vsiRNA）抑制了水杨酸（SA）的合成，从而抑制了下游抗病通路基因表达，促进了病毒的快速侵染；BYDV-GAV侵染寄主后阻止叶绿素结合蛋白（Chla）合成导致叶片黄化；BYDV-GAV运动蛋白（MP）与小麦赤霉素受体蛋白DELLA互作，抑制寄主GA途径导致小麦植株矮缩。从WBDp基因组中鉴定明确了效应蛋白SWP1是引起小麦蓝矮病矮化的致病基因，SWP1通过与小麦BRC1互作引起植株矮化丛枝。鉴定出的病原致病基因为防治药剂研制提供了新靶标。解析了小麦黄化、矮缩类病害的昆虫传播机制。发现了健康小麦比感染黄矮病毒GAV的小麦更吸引蚜虫取食的现象，黄矮病毒借助寄主分泌己烯醛吸引蚜虫取食，病毒感染寄主后再降低己烯醛合成以迫使蚜虫离开病株迁飞到健康小麦进行传毒，解析了BYDV-GAV利用蚜虫扩散的“过河拆桥”传毒策略。培育了抗病品种，创制了抗病毒药物，建立并推广应用了防控体系，挽回了大量的小麦产量损失。筛选出高抗黄矮病的华山新麦草和6个小麦-华山新麦草易位系等抗抗病种质资源，培育出抗黄矮病新品种4个，通过了省级审定，累计推广1930.8万亩，增产小麦38416万千克。