本发明公开了短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)的发酵方法。本发明提供的短小芽孢杆菌的发酵方法包括将短小芽孢杆菌接种至pH为7‑9的培养基中,得到发酵前液;将发酵前液在发酵温度为26‑34℃和转速为170‑230rpm的条件下进行发酵培养,得到短小芽孢杆菌发酵液,实现短小芽孢杆菌的发酵;所述培养基为能用于培养短小芽孢杆菌的培养基。实验证明,本发明提供的短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)的发酵方法较基础发酵工艺中该菌的生物量提高了431.23%。本发明解决现有短小芽孢杆菌培养基中生物量较低的不足,为短小芽抱杆菌菌株工业化生产和获得高产菌剂提供技术支撑和理论指导。