针对我国棉花资源贫乏、品种同质性高的问题，绘制棉花高质量参考基因组，系统鉴定优质、抗性等关键遗传位点，实现基因组选择育种；创建棉花体细胞杂交和植株再生技术，突破远缘杂交不亲和障碍，开辟了资源创制新途径；建立起包括遗传转化、基因编辑和分子标记辅助选择技术，形成一整套棉花生物技术育种体系，有效提升了我国棉花育种效率。在Nature Genetics（4篇）、Nature Plants、Plant Cell等IF˃10的杂志发表论文80多篇，育成在培育出高产、优质、多抗的棉花品种25个，其中国审品种6个，较好解决了我国棉花品种高产与优质、高产与抗性的矛盾，累计推广面积2500多万亩。以第一完成人获国家科技进步二等奖1项，省部级科技奖励一等奖8项。以国审品种“华杂棉H318”自2009年审定以来，经久不衰，2023年全国两个棉花主导品种之一、长江流域阵型品种中唯一骨干型品种。随着棉花产业向新疆转移，培育出国审华棉702（2022），抗枯萎、耐黄萎、耐高温、抗旱，实现了产量、品质和抗性的协同改良，已在新疆大面积推广。