本发明提供了一种用于鉴定少精症的标志物、筛选方法及其应用,属于生物化学技术领域,该用于鉴定少精症的标志物,包括PE(O‑16 : 0/22 : 6)、TAG(54 : 8)_FA22 : 6、HexCer(18 : 1/18 : 1)、TAG(50 : 2)_FA16 : 0、TAG(52 : 7)_FA22 : 6、FFA(22 : 6)、TAG(56 : 8)_FA22 : 6、TAG(54 : 7)_FA22 : 6、TAG(56 : 8)_FA16 : 0、SM(18 : 1)、FFA(24 : 1)和DAG(16 : 0/18 : 0),其能够解决现目前少精症的临床诊断仍存在假阳性标志物且诊断机制不明确的技术问题。