本发明公开了一种可见光催化精准修饰色氨酸吲哚C‑2位构建C‑S结构的方法及其应用。所述方法为:称取色氨酸或含有色氨酸的多肽A和硫酚B,加入光敏剂和添加剂,加入溶剂溶解后,置于440‑445nm的蓝光灯下照射,待色氨酸原料消耗完毕后,洗涤、萃取、干燥、浓缩、柱层析分离,得到吲哚C‑2位C‑S结构精准修饰的氨基酸或多肽。该方法绿色环保,操作简便,无需加热,无需惰性气体保护,无需导向基团;能够以优秀的化学选择性和专一性靶向色氨酸的吲哚C‑2位,且无论侧链有无保护基,色氨酸、含有色氨酸的寡肽/生物活性肽/多肽药物都能被精准修饰。本发明方法用于多肽/蛋白质的多样性修饰,可为特定功能多肽药物的开发以及化合物结构功能的研究提供理论基础。