本发明公开了一种磨粒辅助激光电解自耦合协同对位打孔方法及系统,涉及特种加工领域,利用短脉冲激光“点扫”在半导体材料上表面指定位置处实现刻蚀,并利用激光在溶液中的空化作用驱动磨粒对加工表面冲击划擦,提高加工表面质量;同时激光辐照在材料内诱导产生出局域电导率增强区域,形成电流优先通过的瞬时定域导电通道;在半导体材料背面利用阴极针管电解加工激光扫描位置,带有磨粒的电解液以一定压力从阴极针管内射出,利用磨粒冲击作用破坏半导体材料下表面钝化层使得电解反应在局域电导率增强区域持续高效进行,从而在半导体材料上表面和下表面上形成位置对应的微孔对。本发明可获得表面质量好、上下位置严格对应的微孔结构。