为了解决城市和乡镇饮用水水源重金属污染的技术问题,本发明提供一种河道水源地大规模原位净水系统及净水方法,为人畜用水提供洁净水源。本发明涉及一种河道水源地大规模原位净水系统及净水方法,该净水系统包括由主河道至人工河道依次设置的第一净水区、第二净水区和第三净水区,人工河道为饮用水水源区。本发明在原有的堤坝修筑需求的基础上搭建了大规模原位净水系统,在主河道长期冲流而成的沙洲上严格划分净水治理区域,基于河道水文特征和地势特点进行侧渗水原位净化处理,本身依托并利用了河道堤坝的建设,在河道原址进行净化而不需要再另外选址,不仅解决了运送传输问题,而且提高了处理量和处理效率,真正实现污染水源的原位规模化净化处理。