本发明公开了一种利用Y染色体分子标记快速检测普通牛和瘤牛的方法,以包含USP9Y基因的待测公牛全基因组DNA为模板,以引物对P为引物,PCR扩增公牛USP9Y基因;用限制性内切酶KpnI‑HF消化PCR扩增产物之后,再对酶切后的产物进行琼脂糖凝胶电泳;根据电泳结果鉴定公牛USP9Y基因第10940位的碱基多态性。由于Y染色体上基因单核苷酸多态性与公牛的父系起源密切关联。因此该方法能够在DNA水平上检测与公牛父系起源密切相关的分子遗传标记,以用于对待测公牛进行快速准确的父系起源分类,进一步阐明牛种的起源进化与遗传多样性,加强公牛种质资源的保护和开发利用。