本发明公开了一种细粒棘球蚴重组抗原P29优势表位肽筛选,涉及生物工程技术领域,包括如下步骤:S1、表位肽设计;S2、B细胞表位混合肽的筛选;S3、B细胞表位单肽筛选;S4、B细胞优势表位肽的优化筛选;S5、T细胞表位混合肽筛选;S6、T细胞表位单肽筛选;S7、B细胞优势表位肽的应用;S8、T细胞优势表位肽的应用。本发明筛选出三条B细胞优势表位肽:P1、P2、P3,可以识别免疫绵羊血清中的IgE、IgG1与IgG2抗体,能够体外识别P29免疫的小鼠血清中IgG、IgM、IgG1抗体,具有较好的抗体识别效果;筛选出两条T细胞优势表位肽:ID18与ID28,能够体外刺激免疫绵羊PBMC产生细胞因子IFN‑γ,具有较好的诱导细胞免疫潜力。为包虫病的P29多表位肽疫苗开发奠定了基础。