本发明的沼泽植被和土壤种子库物种多样性预测方法及系统,通过确定草丘面积;确定草丘沿水分梯度植被的物种多样性;确定草丘沿水分梯度土壤种子库的物种多样性;预测沼泽湿地植被的物种多样性;预测沼泽湿地土壤种子库的物种多样性。本发明通过测量草丘的长径和短径,不仅能够快速预测湿地地上植被的物种多样性,还可以快速的预测地下潜在植被—土壤种子库的物种多样性。本发明操作、测量非常简便,能够快速反应沼泽湿地干涸、退化过程中地上和地下物种多样性丧失和动态变化,进而反映出沼泽湿地的退化状态,是物种多样性丧失和湿地湿地干涸、退化的重要预警信号。