我国牛羊养殖模式正处于转型升级的过渡期,集约化养殖模式快速发展。高密度的集约化养殖更易导致病原的传播和扩增,其中包括重要的肠道寄生虫病原,已在多地频繁引起腹泻病暴发,导致大量犊牛、羔羊死亡。为此,本研究针对导致牛羊腹泻的重要肠道寄生虫病原,建立了全球广泛应用的高效分子诊断方法,阐明了我国多个养殖主产区重要肠道寄生虫的分子流行病学特征和感染风险因素,提出了因地制宜的疾病防控策略;建立了全球最大的肠道寄生原虫基因组数据库,甄别了我国强感染性和高致病力的虫株,并构建了多个候选疫苗虫株;联合宁夏农林科学开展防控制剂的创制,已研发出针对肠道腹泻病原的新兽药(已申报临床批件)和中草药新产品。