本发明涉及一种鉴定草木樨属18个物种植物DNA条形码技术及其应用方法。挑选整合ITS、psbA-trnH、rbcL、matK、trnL这5个基因作为鉴定草木樨18个种的目标DNA条形码基因。基于ContigExpress的数据组织、编辑和分析法及ClustalW的多序列比对法,基于最小进化原理的Neighbor-Joining算法和no?of?difference方法构建聚类图,形成一种鉴定草木樨属18个物种植物DNA条形码技术的基本用法,确立标准分类条形码基因及对应序列。该技术建立了一种快捷、高效、准确率高的草木樨属不同物种DNA条形码鉴定方法,对草木樨属各物种的区分及种质资源的利用具有重要意义。